普吉境内多山，全岛约有70%的面积属于山地地形，尤其是贯穿岛屿西侧的山脉，是连贯马来半岛与亚洲大陆的克拉地峡（Kra Isthmus）的一部分，最高峰Mai Thao Sip Song（十二藤峰）标高529米。而占有其他土地面积的小型平原主要是散布在岛屿的中央与南部，岛上主要溪流包括有挽艾河（Khlong Bang Yai）、挽隆河（Khlong Bang Rong）、呈娘河（Khlong Tha Rua）等几条，但都是重要性不高的小型河流。
普吉岛有大小32个离岛，其中大部分的离岛都是聚集在岛北的攀牙湾与东到南岸的近海。少数例外的是最大的离岛披披岛（Ko Phi Phi Don），与其附属的小披披岛（Ko Phi Phi Ley，即电影《梦幻沙滩》（The Beach）拍摄场地）位于东方正好与普吉岛和泰国本土等距离的较远海面上。由于这两座岛皆属甲米府而非普吉府管辖，已自成一个独立的观光区。
